Arthur Parnassus tem uma vida boa, construída a partir das cinzas de uma vida má. É o diretor de um estranho orfanato numa ilha remota, e espera em breve adotar as seis perigosas e mágicas crianças que lá vivem. Trabalha arduamente e ama as crianças com todo o seu coração, para que nenhuma delas conheça a solidão e o tormento que experimentou quando era órfão na mesma ilha, há muito tempo. Mas ele não está sozinho: o amor da sua vida, Linus Baker, um antigo assistente do Departamento Responsável pela Juventude Mágica, apoia-o incondicionalmente. Assim como Zoe Chapelwhite, a fada da ilha, e a sua amiga, a presidente da câmara Helen Webb. Juntos, os quatro farão de tudo para proteger os residentes do orfanato.
Porém, um dia, Arthur é chamado perante uma comissão de investigação para testemunhar sobre o seu passado obscuro e vê-se a liderar a luta por um futuro para a sua família e para todos os seres mágicos.
Simultaneamente, uma nova criança mágica quer juntar-se aos habitantes da ilha: uma criança que retira força do facto de se chamar a si própria um monstro, uma palavra que Arthur se esforçou tanto por evitar no seu orfanato… Bem-vindo de volta à ilha Marsyas! Esta é a história de Arthur.