Jurada herdeira do trono pelas Cortes de Lisboa de 1674, assumiu o título de princesa da Beira. As Cortes de 1679 dispensaram-na das determinações das alegadas Cortes de Lamego, que vedavam a coroa às princesas casadas fora de Portugal, com a justificação de ser notório " não haver de presente no Reino pessoa digna e capaz, com que possa casar". Foi escolhido para seu marido o duque de Sabóia. Os esponsais realizaram-se em Lisboa, no ano de 1681, mas quando, no ano seguinte, o duque de Cadaval foi a Turim buscar o noivo, este recusou embarcar. Com o falecimento da rainha, em 1683, D. Pedro subiu ao trono e voltou a casar com D. Maria Sofia de Neuburgo. O nascimento de um príncipe, o futuro D. João V, afastava D. Isabel da coroa. O seu casamento deixava de ser um imperativo nacional.