Filha mais nova do infante D. Pedro, regente de Portugal e de D. Isabel de Aragão,D. Filipa recebeu o
nome de sua avó paterna, a rainha D. Filipa de Lencastre, e uma primorosa educação em casa do seu pai e na corte. Estava pelo seu nascimento destinada a ocupar uma elevada posição social. Os acontecimentos de Alfarrobeira interromperam dramaticamente o seu percurso de vida. Os seus irmãos partiram para o estrangeiro, mas D. Filipa, ainda adolescente, permaneceu no Reino. Após a morte da sua irmã, a rainha D. Isabel, dedicou-se aos sobrinhos, a princesa Joana e o príncipe D. João.